企业科：研究提出支持企业发展以及相关行业的财政政策；负责拟(修)订市级国有资本经营预算的各项管理制度、预算编制办法，负责市级国有资本经营预算编制、执行工作，负责收取企业国有资本收益；牵头拟订企业财务制度及企业财务会计报告编制办法并组织实施；负责监管市属企业财务(除经济建设科、教科文科、行政政法科、农业科、外经科分管企业外)；参与拟订企业国有资产管理相关制度；承担所属有关资产评估管理工作；研究提出分管部门(单位)年度预算和专项资金支出预算的建议，负责监管分管部门(单位)预算的执行和对专项资金的使用情况追踪问效；管理市级财政企业发展专项资金；监督管理园区财务。

　　会计科：负责全市会计管理工作；组织贯彻实施会计法规,拟订相应的具体措施和管理办法,并负责监督实施；负责组织实施会计委派管理工作；管理全市会计从业资格；承担会计专业技术资格、注册会计师资格考试考务工作；组织高级会计师评审推荐工作；承办市本级代理记账机构的设立审批；协调指导财政学会、会计学会、珠算协会工作；负责内部刊物《三明财会》的出版发行工作;协助省注册会计师协会做好相关工作。